La Escuela de Aplicación de Armas, desde el año 1999, recibe como alumnos becados a Oficiales del Ejército de EE.UU. en el grado de "CAPITAN", habiendo egresado a la fecha de sus aulas 3 Oficiales Subalternos, los mismos que vía Internet ponderaron la eficiente preparación del Personal de Cuadros de este Instituto, como también de todo el Ejército.

    Desde el mes de Marzo del año 1999, igual que los demás Institutos Militares, sufre una reforma organizativa, buscando siempre una mejor optimización en su administración académica. Es así que se crean cinco Divisiones: DIVISION ACADEMICA (DIAC.), DIVISION DE EVALUACION Y ACREDITACION (DEAC.), DIVISION DE INVESTIGACION Y PRODUCCION DOCTRINARIA (DIPD.), DIVISION DE EXTENSION E INTERACCION SOCIAL (DEIS.) y DIVISION DE APOYO ADMINISTRATIVO (DIAA.), asignándoles funciones y actividades bajo la dependencia de la Jefatura de Estudios.

    A partir de la gestión/2001, por disposición del Comando General del Ejército, mediante Directiva No 01/01, la Escuela de Perfeccionamiento de Sofs. y Sgtos. "SOF. GUIDO PRADEL", pasa a depender de la Unidad Académica Escuela de Aplicación de Armas "Mcal. José Ballivián".