Efímera fue la vida del Colegio Militar en ese período, los acontecimientos políticos que se sucedieron, causaron la casi desaparición del Instituto, hasta que el año 1.859 el Dr. José María Linares reivindico las glorias militares y estableció en el pueblo de Sapahaquia una Academia Militar acorde con las necesidades de defensa de la Nación.

En el gobierno de Linares del año 1.857 al 1.861, fue en los pocos años de gobierno de Linares que el Ejército tuvo su lucidez, fue quien ordeno que en Sapahaquia a 74 Km. de La Paz se estableciera una Academia con disciplina férrea y haciendo un culto de la profesión.

EI 18 de diciembre de 1.872, el presidente Tomás Frías contrata los servicios del prestigioso militar francés y héroe de la guerra franco-prusiana General Raulus Brisson para comandar el Colegio Militar.

El Ministro de guerra Dn. Severo Fernández Alonso auspició el 17 de abril de 1.891, el funcionamiento del Colegio militar en la ciudad de Sucre, lo que fue concretado por el H. Senado Nacional el 18 de abril del mismo año, funcionando bajo la Dirección del General Dn. Pedro Villamil, al retorno de haber realizado cursos de Comando y Estado Mayor en la República de Francia.