La organización y articulación de las unidades del Ejército en el pasado a respondido a necesidades coyunturales cumpliendo su cometido de acuerdo a diferentes situaciones del momento.

El Comando General del Ejército considerando que él Ejército debía modernizarse ordenó introducir algunas modificaciones en su estructura orgánica es así que crea el Comando de Institutos Militares en reemplazo del Dpto. VI. (Institutos y Enseñanza), que debía conformar su organización interna y determinar las funciones de su Estado Mayor Académico, de acuerdo a la Orden de Ejercito 04/90, habiendo creado la sección docencia y pedagogía militar donde determinan que “En base a reglamentación específica elaborada para cada instituto el Comando de Institutos militares seleccionara los catedráticos que serán destinados a los diferentes institutos” al nuevo Sistema Educativo del Ejército.

El Comando de II.MM. fue creado por Orden de Ejército Dpto. III-EMG. No. 04/90 de fecha 111800-JUN-90, en reemplazo del Dpto. VI. (Institutos y Enseñanzas), como parte de la concepción renovadora y de modernización en la estructura orgánica del Ejército.

Misión
El Comando de Institutos  Militares  del Ejército, planificará y dirigirá el Sistema Educativo Militar del Ejercito (SEME), supervisará y controlará su ejecución, durante la presente gestión académica, para lograr la eficiencia en la formación y capacitación profesional del personal de cuadros, a fin de alcanzar los objetivos académicos del Ejército. Simultáneamente realizará la evaluación del personal convocado a ascenso; velará por la formación humanística de la niñez y juventud dependiente del personal militar.

Objetivo Académico
Consolidar en los Institutos Militares, la doctrina vigente de la educación a partir de las estructuras legales vigentes en este campo, de acuerdo a la Visión, Misión y los Objetivos Generales del Plan Estratégico Institucional del Ejército, considerando al educando en su tridimencionalidad, (afectiva, cognitiva y psicomotora), relacionando estos aspectos con la seguridad, la defensa  y la cooperación al desarrollo del país.

Políticas y Estrategias

* Optimizar la administración del Sistema Educativo Militar del Ejército (SEME.).
   
* Cualificar los Recursos Humanos a las necesidades del Ejército buscando la excelencia profesional.
   
* Mejorar la calidad de la enseñanza aprendizaje en los II.MM.
   
* Armonizar científica, pedagógica y técnicamente los programas de  estudio del Sistema Educativo Militar del Ejército (SEME.).
   
* Consolidar el actual SEME. en su etapa de implementación, mediante   la operativización y reajuste de los planes de estudio en los II.MM.
   
* Adecuación curricular a las demandas funcionales, institucionales y de la sociedad.
   
* Afianzar las bases  para una cultura evaluativa en los procesos de enseñanza  aprendizaje, gestión educativa y promoción del personal, acorde al desarrollo actual de la Educación.
   
* Desarrollar y consolidar    la Doctrina conjunta, mediante la Reformulación de los programas integrados  con los otros componentes para la formación y especialización del personal.
   
* Implementar programas y proyectos educativos de capacitación, presenciales, semipresenciales  y a distancia, que garantice la formación y especialización para atender las demandas del Ejército.
   
* Diseñar y operativizar planes para la asignación de becas, basada en los méritos profesionales.

*Implementar los medios didácticos con el uso óptimo de los recursos económicos y financieros.